Главные книги Искандера написаны в своеобразном жанре: роман-эпопея «Сандро из Чегема», эпос «Детство Чика», повесть-притча «Кролики и удавы», эссе-диалог «Думающий о России и американец». А также популярны повести «Человек и его окрестности», «Школьный вальс, или Энергия стыда», «Поэт», «Стоянка человека», «Софичка», рассказы: «Тринадцатый подвиг Геракла», «Начало», «Петух», «Рассказ о море», «Дедушка» и другие произведения.
По книгам Фазиля Искандера был снят ряд фильмов «Время счастливых находок», «Воры в законе», «Созвездие Козлотура», «Пиры Валтасара, или Ночь со Сталиным», «Маленький гигант большого секса» по мотивам повести «О, Марат!» и другие.